干扰素也有副作用，常见副作用及处理方法如下：
1.流感样症候群：表现为发热、寒战、全身不适，肌痛、头痛等，有时还可出现鼻塞、流涕、头晕、尿急等，而以发热最为常见。
2.一过性骨髓抑制：主要有外周血白细胞（中性粒细胞）及血小板数量减少；白细胞减少通常发生于使用后数小时至数日。使用第一周，白细胞减少至40％-60％，而后趋于稳定。停药或间歇5天以上使用，白细胞可迅速恢复。
3.精神异常：可以表现为压抑、妄想症、重度焦虑、等精神病症状。因此应用干扰素之前要评估患者的精神状况，治疗过程也要密切加以观察。抗压抑药物可以缓解此类不良反应，但对症状严重者，应该及时停药。{北京华大详解：干扰素常见副作用及处理方法}
4.消化系统反应：如食欲不振、味觉异常、恶心、呕吐、泄泻、腹胀等。药量越大，症状越频繁，但一般不需治疗，较重者可对症处理。严重者应考虑减量或停药。
5.皮肤反应：使用超过4个月者部分人可有轻、中度脱发，一般停药后可有恢复，偶有停药后更严重者。斑丘疹多发生于躯干和四肢，但多为暂时性的；还有发生潜在特异性反应，表现为弥漫性红斑及荨麻疹等。 轻度皮疹多呈自限性，不必处理；严重者应考虑停药或减量，并给抗过敏治疗。
6.肾脏损害：最常见者为轻度蛋白尿，少有＞0.1克／日，亦不伴有血浆蛋白的减少。其他肾脏损害虽有报道但极少见。通常无需特殊处理，嘱患者多喝开水即可。{北京华大详解：干扰素常见副作用及处理方法}
7.对内分泌系统的影响：11-羟皮质类固醇增加，雌激素水平下降，高密度脂蛋白降低，出现糖尿，偶见高血钾、低血钙等症，还能提高血浆甘油三酯含量，但对胆固醇无影响。女性患者17b雌二醇、黄体激素的减低和延迟 ，会使月经周期延长，停药后可恢复。
8.抗干扰素抗体的产生：部分患者治疗初期甚至未应用干扰素时即出现抗干扰素抗体，影响治疗效果。估计与个体差异有关，而与应用剂量、给药途径、时间长短及患者年龄无明显关系。 有人换用不同的基因型制剂，减少干扰素抗体的产生，而提高干扰素疗效。{北京华大详解：干扰素常见副作用及处理方法}
9.干扰素诱导产生自身抗体和自身免疫性疾病：包括甲状腺抗体、抗核抗体和抗胰岛素抗体。多数情况下无明显临床症状，部分患者可出现甲状腺功能低下或者亢进、糖尿病、血小板减少、银屑病、白斑、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮样综合症等，严重者要停药。
此外，尚可对心血管、骨髓系统的影响和对生长的抑制等。
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